Euroregiony (případně regionální sdružení obcí) jsou důležitým článkem přeshraniční spolupráce v ČR. V rámci programů přeshraniční spolupráce spravují prostředky (fondy) určené na projekty menších finančních objemů vždy v části území příslušného programu. Tyto fondy podporují především projekty prohlubující přímou komunikaci a kooperaci mezi obyvateli příhraničních regionů. Každé programové území je pro potřeby fondů rozděleno na několik částí a v každé z nich spravuje určený Euroregion (případně regionální sdružení obcí) přidělený fond.

Přeshraniční spolupráce ČR – Sasko

• Euroregion Nisa – Nysa
• Euroregion Labe
• Euroregion Krušnohoří
• Euregio Egrensis

Přeshraniční spolupráce ČR – Bavorsko

• Euregio Egrensis
• Euroregion Šumava

Přeshraniční spolupráce ČR – Rakousko

• Euroregion Silva Nortica
• Sdružení obcí Vysočiny
• Sdružení obcí a měst Jižní Moravy (Euroregion Pomoraví)

Přeshraniční spolupráce ČR – Slovensko

• Euroregion Bílé Karpaty

Přeshraniční spolupráce ČR – Polsko

• Euroregion Beskydy – Beskydy
• Euroregion Těšínské Slezsko - Śląsk Cieszyński
• Euroregion Silesia
• Euroregion Praděd – Pradziad
• Euroregion Glacensis
• Euroregion Nisa – Nysa