Historie založení sahá až do roku 1989. Iniciativa Waldviertel Managementu směřovala nejdříve na jihočeské přednosty okresů, později na nově založené regionální rozvojové agentury v Jindřichově Hradci a v Českých Budějovicích, se kterými byla 13. 4. 2000 podepsána Deklarace o spolupráci mezi regiony.

Po aktivním zásahu Sdružení měst a obcí Jihočeského kraje (SMOJK) se snahy o založení euroregionu zintenzivnily. Jednání byla nakonec završena slavnostním založením Euregio Silva Nortica 28. 5. 2002 v Hospodářském parku Gmünd / České Velenice.

Zakladateli jsou Europaplattform Pro Waldviertel na rakouské straně a sdružení Jihočeská Silva Nortica na české straně.

Euroregion se od roku 2003 zapojil do řady přeshraničních projektů, např. „Vítáme Vás sousedé“ nebo „Přeshraniční impulsní centra“. Klíčovým pro jeho další rozvoj se stal projekt „Založení sítě impulsních center a pracovních skupin v rámci ERSN“ podpořený z programu INTERREG IIIA.

V roce 2004 získal euroregion správu a administraci Dispozičního fondu INTERREG IIIA pro Jihočeský kraj a region Waldviertel. Vzhledem k velkému počtu podpořených projektů a značnému objemu finančních prostředků, které euroregion tímto způsobem přinesl do území, se stával stále známější a uznávanější institucí.

V roce 2005 se ERSN stal členem Asociace evropských příhraničních regionů (AGEG) jako jeden z mála českých a rakouských euroregionů. Od roku 2009 je zástupce euroregionu místopředsedou této významné evropské organizace.

V letech 2005-06 došlo ke změně sekretariátu ERSN na rakouské straně, když se jím stal Regionalmanagement Niederösterreich, Büro Waldviertel s kanceláří ve Zwettlu. Euroregion se dále podílel na řadě významných projektů, jako je otevření nových hraničních přechodů, propojení cyklotras apod.

V roce 2007 se euroregion zapojil do přípravy nového programu přeshraniční spolupráce nazvaného Evropská územní spolupráce Rakousko-ČR 2007-2013 (dále EÚS). Opět získal správcovství tzv. Fondu malých projektů, který od roku 2008 přináší do regionu Jižní Čechy-Waldviertel přes 3 miliony EUR na realizaci stovek malých projektů (neinvestiční „people-to-people“ projekty a malé infrastrukturní projekty) až do roku 2015.

V roce 2008 euroregion zahájil realizaci významných projektů přeshraniční spolupráce „Hospodářská platforma ERSN“ a „Mobilita bez hranic“, ve kterých usiloval o zlepšení hospodářské spolupráce a dopravního propojení mezi Jižními Čechami a Waldviertelem. Oba projekty byly ukončeny v roce 2011.

V letech 2009-2011 euroregion získával pro tyto aktivity stále více podpory a uznání od významných regionálních, státních a mezinárodních institucí, mezi které patří AGEG, Ministerstvo pro místní rozvoj ČR, vláda země Dolní Rakousko, Jihočeský kraj, Řídící orgány programů EÚS a Central Europe (za projekt QUALIST realizovaný od roku 2010) a další partneři. Euroregion se stal členem Asociace euroregionů České republiky, nadále spolupracuje s okolními regiony, zejména s Euroregionem Šumava/Bavorský les/Mühlviertel na rovnocenném začlenění příhraničních regionů do společné Evropy.