V každém státě je zřízen sekretariát Euroregionu.
Sekretariát sestává z vedoucího a jemu příslušných spolupracovníků. Předseda Generálního shromáždění je současně nadřízeným sekretariátu. Vedoucí sekretariátu je navrhován předsedou Generálního shromáždění každého státu a potvrzen Generálním shromážděním.
Oba sekretariáty ERSN jsou odpovědné za věcné vyřizování úkolů a za řádné vedení správy Euroregionu. Sekretariáty uskutečňují ustanovení Generálního shromáždění a vedou běžnou agendu.
Jsou obzvláště odpovědny za (výtah ze Zakládací dohody):
- prezentaci navenek,
- sestavování a provádění pracovního programu Euroregionu,
- koordinaci práce odborných pracovních skupin,
- koordinaci vlastních aktivit se sekretariátem partnera,
- provádění společných informativních setkání a jiných přeshraničních akcí,
- přípravu jednání Generálního shromáždění i Výboru Euroregionu
